肛瘘的形成原因有细菌感染，肛周脓肿，由于粪便滞留肛隐窝，引起肛腺炎，导致肛周脓肿，肛周脓肿破溃后，脓液排出，脓腔逐渐缩小，外部破溃口和切口也缩小，腔壁形成结缔组织增生的坚硬管道壁，即成瘘管，肛瘘由此形成。结核杆菌、放线菌，感染形成脓肿，克隆氏病等难以自愈而形成特殊性肛瘘。直肠肛门损伤、外伤，不及时治疗，都可导致肛瘘。