小孩嘴巴里长疱的原因有多种，其中包括感染单纯疱疹病毒引发疱疹性口炎、机体免疫力下降导致疱疹性咽峡炎、手足口病等。在与疱疹患者接触后，感染单纯疱疹病毒会导致疱疹性口炎，在唇、颊、舌、牙龈与上腭等处出现针头大小、数量不等的圆形小水疱，疱壁容易破裂，并形成不规则的溃疡面。机体免疫力下降时，会导致疱疹性咽峡炎的发生，口腔后面的软腭、悬雍垂、扁桃体等部位发生丛集成簇的小水疱。而手足口病时，口腔黏膜出现散在水疱，数量不等，可迅速破溃。因此，小孩嘴巴里长疱的原因可能是由多种病毒或细菌感染引起的。