宝宝嗓子有疱而且发烧可能是由肠道病毒感染引起的疱疹性咽峡炎导致的。肠道病毒是一种常见的病毒，可以引起多种感染，包括口腔和咽喉感染。当肠道病毒进入机体后，会刺激免疫系统产生抗体和白细胞，从而产热增加，导致宝宝发烧。此外，肠道病毒还可以侵犯中枢神经系统，引起病毒性脑炎，导致宝宝嗓子有疱和发烧等症状。
如果宝宝的疱疹主要分布在口腔咽喉部，同时还有手、足、臀部、膝关节等处是否有疱疹，那么可以考虑诊断为手足口病。治疗和疱疹性咽峡炎一般是相同的，但是手足口病的预防措施也需要加强，如勤洗手、避免接触病毒等。如果症状加重或持续时间较长，建议就医并咨询医生的建议。