儿童发烧嗓子有疱的原因可能是疱疹性咽峡炎，这是一种由肠道病毒引起的疾病。当儿童的免疫力抵抗力下降时，他们更容易受到肠道病毒的感染，从而导致口腔和咽喉部出现疱疹。此外，不注意手卫生或进入空气不太流通的公共场所也是引起儿童发烧嗓子有疱的原因之一。疱疹性咽峡炎的自然病程一般在一周左右，需要进行对症治疗和支持治疗。