孕妇阑尾炎手术后生的小孩是否会有畸形，取决于孕妇阑尾炎手术的时间。如果在孕早期进行的阑尾炎手术，由于有麻醉药物和抗炎药物的使用，所生的小孩畸形率有增加的风险。
如果在孕中晚期做阑尾炎手术，此时胎儿已经发育成熟，这种情况下，手术后使用药物对胎儿发育的影响就相对比较小，导敢畸形的可能性就相对比较小，所以孕妇阑尾炎手术生的小孩不一定有畸形。