妊娠合并生殖器疱疹主要采取抗病毒治疗，治疗的目的是减轻疼痛、缓解症状、缩短病程，降低对胎儿及新生儿的影响。
一、药物治疗
1、控制和预防感染：使用解热镇痛药、抗生素或清热解毒中药(如板蓝根、大叶青等)，服用多种抗生素。
2、局部用药：保持疱壁完整，阴部用生理盐水冲洗，保持外阴部清洁干燥。病灶涂以甲紫溶液、阿昔洛韦软膏或霜剂涂以局部破溃处，或酞丁安软膏外用。疼痛明显者可外用盐酸利多卡因软膏或口服止痛药，还可以使用奥平栓剂置于阴道内。
3、全身用药：推荐使用的治疗方案是阿昔韦口服，频发、复发者则需以较低的剂量服用较长时间。孕妇使用时，应根据医嘱服用。早期使用阿昔洛韦，除短暂的中性粒细胞减少外，并没有发现对胎儿及新生儿的其他副作用。
二、手术治疗
软产道有疱疹病变，或初次感染发病不足1个月者，即使病变已治愈，仍应行剖宫产结束妊娠，复发型发病1周以上者可行阴道分娩。