生化妊娠和宫外孕存在的本质差异，生化妊娠是概念，并没有形成真正的胚胎。胚胎自然不会着床于宫内或者宫外，仅仅表现为HCG增高，而经过月经以后HCG会降为正常，没有发现实质性的胚胎组织。宫外孕则不然，宫外孕患者出现停经以后可以发现，胎囊并没有着床于子宫腔，而是着床于子宫以外的部分。根据着床的部位不同，可以分为输卵管妊娠、卵巢妊娠、宫颈妊娠、瘢痕妊娠、腹腔妊娠等。
宫外孕会对机体产生严重危害，可以因为破裂或者流产，出现大出血的现象。如果是在宫腔内，比如宫颈妊娠或者瘢痕妊娠，可能造成严重的阴道出血。如果在输卵管或卵巢，会造成严重的腹腔内出血。阴道出血可以早期发现，腹腔内出血，往往容易被病情掩盖，可以出现严重的休克，甚至于可以威胁产妇生命。所以生化妊娠和宫外孕存在着本质的区别，无论诊断、治疗方法以及对患者的危害都截然不同。