细菌性阴道炎的治疗原则为选用抗厌氧菌的药物，此类药物主要有甲硝唑、克林霉素。甲硝唑可以抑制厌氧菌生长，同时又不影响乳酸杆菌的生长，是比较较理想的治疗药物，但不足之处是其对支原体的治疗效果较差。
口服用药治疗首选甲硝唑或克林霉素，治疗疗程为七天。局部用药可以选择含有甲硝唑的栓剂，或者2%克林霉素软膏涂抹阴道。