细菌性阴道炎的治疗周期一般为七天，治疗原则为选用抗厌氧菌药物，主要有甲硝唑、克林霉素。甲硝唑可以抑制厌氧菌生长，同时不影响乳酸杆菌生长，是较理想的治疗药物。
口服药物首选甲硝唑或克林霉素，疗程均为七天，局部用药需选含有甲硝唑的栓剂或2%克林霉素软膏，涂抹阴道，疗程均为七天，口服药物与局部用药效果相似，治愈率为80%左右。