巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢里面而形成的一种病变，巧克力囊肿一般指的是卵巢的巧克力囊肿。其疾病本质就是卵巢的子宫内膜异位症，具有活性的子宫内膜组织异位到卵巢里面，每个月会随着卵巢雌孕激素的周期性改变，异位的子宫内膜也会有增生、剥脱和出血的反应。
在每个月来月经的时候，异位到卵巢内的子宫内膜也会出血，从而在卵巢内积聚下来，在开始可能只是一个小血斑。随着每个月的出血，小血斑变成小血泡，最后就会形成囊肿，里面包裹的就是褐色或者咖啡色的黏稠液体。