闭经性头痛的病因不明确，主要认为与女性雌激素水平变化、前列腺素的释放以及遗传因素相关。本病非传染病，无传播途径且好发于月经不调的中青年女性。
一、主要病因
闭经性头痛的发生主要与雌激素水平、前列腺素和遗传因素等密切相关：
1、雌激素水平：实验表明女性雌激素水平偏低时偏头痛的发生率增加。雌激素可通过影响神经递质水平周期性地改变大脑内血管活性肽类物质含量，使脑内神经元细胞形态及功能改变，以对痛觉传导通路施加影响参与头痛发作。
2、前列腺素的释放：经期时雌、孕激素的撤退使子宫内膜脱落和前列腺素释放，过量的前列腺素进入血液循环会引起头痛症状。
3、遗传因素：有些女性因激素变化而容易引发头痛甚至导致恶化而其他女性则没有，并且有些本病患者具有头痛家族遗传史。
二、诱发因素
需要长期服用免疫抑制类药物，或患有自身免疫病群体的免疫抑制或可诱发本病。