巧克力囊肿可能会出现痛经、深部的性交痛、不孕以及非周期性的盆腔疼痛等症状，如果女性处于育龄期，也很可能会出现一些排便困难、排尿困难、肩背疼痛等不典型的症状，需要做进一步的检查才能够明确诊断。这些症状当中比较典型的主要是盆腔疼痛以及痛经、性交痛等等，如果出现了这些症状，就要及时去医院做子宫的B超检查，如果能发现囊肿，基本上就能明确诊断了。