一般情况下，治疗肛裂的特效药主要包括内服可外用药两种。内服药主要包括麻仁滋脾丸等保持大便通畅药物；外用药主要是高锰酸钾。
肛裂的治疗是多种药物、多种方式共同作用的结果，常用的药物包括高锰酸钾、硝酸银、镇痛油膏、硝酸甘油膏、硝苯地平、地尔硫卓、肉毒杆菌毒素等。可以使肛门括约肌松弛，减轻疼痛，同时改善局部的血液循环，促进炎症的吸收，有利于肛裂的愈合。