肝癌是高甲胎蛋白的常见原因之一。孕妇和新生儿甲胎蛋白，慢性肝炎，重症肝炎恢复，肝硬化，先天性胆管闭塞，畸形胎儿也有暂时性增加甲胎蛋白可能升高，但幅度小，时间短，生殖细胞肿瘤是相关的。甲胎蛋白是肿瘤标志物。通常由卵黄囊和胚胎肝脏产生，出生一年后维持在低水平，肝病增加，肝细胞癌和畸胎瘤明显增加，已被用作原发性肝癌临床诊断的常规指标之一。