纳豆可以增强肠胃机能，吸收肠道内的水分，滋润肠道，起到润肠通便的功效，还可以抑制血糖的增加，可以降血脂、降血压、降胆固醇，能够直接分解血栓，预防和治疗血栓、心肌梗死、脑卒中等疾病。可以直接用水煮纳豆食用，不会因为过度的烹饪而破坏其中的营养价值。患有嘌呤代谢紊乱的痛风和血尿酸浓度增高最好不要多吃；慢性肾功能不全的患者也不宜食用；由于纳豆激酶不耐热，应尽可能不加热食用，可以把它当做调料拌着蔬菜吃。