螺旋藻的副作用有发晕、倦感、肩硬、拉肚子、放屁多等特征。严重时有头痛、发肿、头晕、发烧、湿疹、关节痛、血压一时上升、喘不上气、呕吐、食欲不振等。螺旋藻也有着一定的禁忌，并非所有的人都可以吃螺旋藻，尤其是痛风患者、甲亢患者、体寒人群等都不能吃螺旋藻。即使是普通人，也不能一次性吃过多的螺旋藻。