两者在化学结构上有所差别，其抗菌作用有相同的地方，但左氧氟沙星的抗菌谱更广，抗菌作用更强。氟哌酸主要用于肠道的感染，如感染性腹泻、细菌性痢疾等。左氧氟沙星除了用于肠道感染外，还可以用于呼吸道感染、泌尿生殖系统感染以及皮肤软组织感染。左氧氟沙星的副作用要比氟哌酸小，但价格要比氟哌酸贵。