硫酸氨基葡萄糖对胃肠道的炎症性疾病，有可能会导致胃肠道严重加重，甚至出现溃疡穿孔，出现恶心，便秘，腹痛，腹胀，腹泻。有过敏体质者，有可能会出现过敏反应，包括皮疹，皮肤出现红斑以及全身性的皮肤瘙痒。还容易导致嗜睡，但是这些危害都是比较轻微的，也不会引起生命危险。