长期的体外冲击波碎石可能造成输尿管粘连或者肾脏纤维化，造成肾功能损害或者输尿管狭窄、粘连等。同一部位反复碎石有可能造成输尿管损伤或肾脏损伤，患者出现肉眼血尿或者腹痛症状。体外冲击波治疗较大的结石，可能会产生石阶，导致患者输尿管完全梗阻。体外冲击波碎石治疗时可能因随呼吸活动而定位不准。