豆浆含有一些抗营养因子，不仅不利于营养物质的消化和吸收，而且对健康有害。豆类含有抑制剂、皂苷和凝集素。对付它们的最好方法是煮豆浆。长期食用豆浆的不应该忘记补充微量元素锌。豆类中含有一定量的低聚糖，这会引起嗝气、肠鸣音、腹胀等症状，所以胃溃疡的少吃点。胃炎和肾衰竭需要低蛋白饮食，而豆类及其产品富含蛋白质，其代谢产物会增加肾脏负担，应禁食。