CT和磁共振在不同的检查部位各有自己的优势。在中枢神经系统方面，核磁共振的诊断价值总体来说优于CT。在头颈部检查中，副鼻窦、乳突CT优于核磁共振，口咽、鼻咽、喉咽检查中，核磁共振优于CT。在胸部、纵膈检查中，CT明显优于磁共振。