葛西手术在临床上主要是用于治疗先天性胆道闭锁。部分先天性胆道闭锁的新生儿在应用葛西手术治疗以后可以获得较好的效果，生存期有可能达到数十年以上。但是也有部分先天性胆道闭锁的新生儿，即使应用葛西手术治疗，也有可能出现病变进一步进展，甚至导致肝硬化的发生，如果不能够给予及时的肝移植，可能很快造成死亡。