六神丸有一种毒副作用，即引起过敏反应。这与用量无关，而且不论内服、外用均会发生。大都在24小时内，表现为药疹，瘙痒难忍。也有的出现喉头水肿，表现为咽部充血、会厌肿胀、吞咽困难、咽喉梗塞、呼吸不畅等。个别严重者会出现过敏性休克，表现为胸闷、心悸、呼吸急促、面色苍白、头晕昏睡、四肢湿冷等，需立即抢救。