小檗碱的副作用，有恶心呕吐，甚至会使身体发热，严重的还会出现腹泻，腹痛。所以日常生活中一定要慎重用药，必须在医生的指导下才可以用药物治疗，因为有的药物会损害人体的肝肠和肾脏功能，不仅不能够起到治病的效果，很有可能损伤自己身体健康。