肝穿刺是一种有创操作，可能引起一些相应的并发症和危害，最常见的是出血，严重者甚至可以引起肝脏血肿。其次是肝脏的损伤，操作过程如果多次反复进行穿刺，会造成穿刺部位肝脏组织破碎，因而损伤肝脏。另外，还可能造成胆漏以及肿瘤的针道转移等。