瘘管的治疗方法有手术治疗、保守治疗和姑息治疗三种。手术治疗主要是做瘘管切除，如肛肠科的肛瘘，都采用手术治疗，可以做瘘管切除，也可以做瘘管挂线等手术方法。腹部的一些肠漏形成瘘管了，也需要手术修补。有些瘘管可以采取介入硬化的方式进行保守治疗，也可以收到很好的效果。少数瘘管为恶性病变，如果到晚期，就只能采取姑息治疗。