13价肺炎疫苗的副作用主要是短暂性发热和注射部位的皮下局限性红肿结节，其特点是打首针的时候会比其他疫苗要更加明显，有些小孩在打完首针的时候，会发烧到三十八度左右，也可出现低热，到接下来的，发热并没有随剂次逐次加强，有可能低热或不再发热。