肛瘘手术主要包括肛瘘切除、肛瘘挂线手术和一些新的方法，都是把肛瘘的无效腔变为新鲜创面，促进机体生长。早期长肉芽，肉芽可以慢慢让无效腔变平，不会有窦道或无效腔，不会出现复发。但肛瘘手术后期如出现陈旧坏死肉芽，特别是肉芽的创面高出皮肤，会影响肛门伤口的愈合。所以如果术后一段时间出现高出皮肤的肉芽，需要把肉芽组织清除，清除很容易，用钳子把肉芽组织夹掉，不需要麻醉。