埃博拉病毒病的传染源主要是感染埃博拉病毒的人和非人灵长类动物，埃博拉病毒的自然宿主为狐蝠科的果蝠，尤其是锤头果蝠，富氏前肩头果蝠和小领果蝠，埃博拉病毒主要在果蝠间循环，通常不引发症状，偶尔会传染给黑猩猩，大猩猩等非人灵长类动物而致其死亡，森林羚羊，豪猪等哺乳动物也可被感染死亡，人接触了感染埃博拉病毒的人和动物后，可能被感染。