硫酸软骨素的主要作用是降低血脂，有轻微修复软骨、促进软骨再生的作用，有一定缓解关节疼痛的作用，还能预防冠心病。而氨糖软骨素的作用是减轻关节炎症，缓解关节疼痛，抑制关节软骨破坏酶，促进软骨修复。硫酸软骨素一般都是药品，具有明确的治疗作用。而氨糖软骨素有一部分产品属于保健品，对于其产品成分的监管和控制并没有药品严格。