肩膀两侧酸痛有以下疾病。首先是风湿，如果酸痛伴有关节的疼痛，僵硬，应该是由风湿所引起，抽空到相关部门进行风湿因子，免疫球蛋白等相关检查，明确疾病的诊断以后，对症治疗。然后是劳累过度，如果劳累过度，肩膀肌肉长时间处于紧张的状态，就会出现疼痛，应该注意休息。