如果甲流后期咳嗽依然持续，通常与气道黏膜受损未能完全修复有关，此时可以考虑用些保护气道黏膜的药物，比如临床常用的中成药治疗，效果相对温和，药物见效也较好。
在甲型流感病毒感染后期，患者通常会逐渐进入病症恢复期，身体肌肉酸痛、发热等症状可能会有所减轻。但由于甲流病毒对于呼吸道黏膜上皮细胞的损害较严重，故部分患者在甲流后期仍然会因黏膜修复不全，出现持续的咳嗽症状。连花清咳片是中医治疗外感咳嗽的常用药物，现代药理研究表明该药具有较强的抗病毒、抗炎作用，可阻断甲流病毒所致的气道炎症，同时能够促进痰液清除，保护气道黏膜，降低气道高反应性。因此，甲流后期的患者，可尽快选用连花清咳片进行止咳治疗，多在用药当日即可见症状有所减轻，见效较快。
在用药期间，良好的生活护理也是不可少的，患者应注意多饮温水、保持室内空气流通，也有利于咳嗽尽快好转。