囊肿的治疗方法很多，包括针刺法、针吸法、针灸法、挂线法以及挤破法，但这些治疗方法复发率一般都较高。
临床上，对于3-6个月以内的囊肿，可以用挤压的方式进行处理，但是复发的概率通常在4-5成。如果是3-6个月大的囊肿，通常需要做手术，寻找囊肿壁，沿着囊肿壁找到蒂部，这样就可以发现关节腔的破口，将囊肿完全切除，然后缝合关节囊壁，后期患者就可以靠瘢痕愈合了。
一般情况下，囊肿是不会复发的。有研究表明，虽然有30%-40%的患者会复发，但是现在患者的治愈率已经很高了。