骨折三年后还疼痛，有可能是因为神经受损，或者是软组织受损，或者是骨折出现了移位。
1、神经受损：神经损伤骨折通常是由外部因素造成的，如从高处坠落，或者直接或间接的用力拉扯，都会造成不同程度的神经损伤，如神经损伤较严重，骨折部位长时间刺激末梢神经，就会出现疼痛，可以在医生的指导下服用一些营养神经的药物，如甲钴胺片、谷维素片等，以促进神经的恢复。
2、软组织受损：软组织损伤较严重的骨折也有可能造成软组织损伤，当软组织损伤较严重时，就会出现骨折部位的疼痛，常见的原因是由于软组织不能完全恢复，或者出现了慢性炎症，可以在医生的指导下服用美洛昔康、布洛芬缓释胶囊等，起到止痛、抗炎的作用。
3、骨折出现了移位：若骨折后不能得到很好的复位，会造成塑形期太长，长期不能完成新生骨痂的脱臼，会造成疼痛，若骨折脱臼较明显，可采用手术切开和内固定。
除此之外，也有可能是骨折的恢复期造成的创伤性关节炎，可以进行物理治疗，如热敷、微波、红外等。如果以上措施无效，需要及时去医院做进一步的检查。