跑步时小腿肚子疼可能是由肌肉拉伤、过度劳累和缺钙等原因引起的。治疗方法因病因不同而有所区别。以下是一些常见的治疗方法：
1.肌肉拉伤：如果是肌肉拉伤所致，建议停止或减少跑步，并给予小腿肌肉充分的休息时间。在受伤处冷敷（冰敷）可以缓解疼痛和减轻肌肉炎症。
2.过度劳累：如果是过度劳累所致，要停止或减少跑步，给予小腿肌肉充足的休息时间，以便恢复和修复。在恢复期后重新开始跑步时，逐渐增加运动强度和时间，以避免再次过度劳累。
3.缺钙：如果是缺钙所致，可以增加钙含量高的食物摄入,如奶制品、豆制品、鱼虾、绿叶蔬菜等。在医生指导下，考虑口服钙和维生素D补充剂。