半月板组织内形成的滑膜细胞包涵体或组织化生细胞分泌黏液导致囊肿形成。滑膜细胞经纤维软骨的微小撕裂移位到半月板内，导致酸性黏多糖蛋白分泌，形成半月板囊肿的内容物。首先在无血管区内出现较小的囊肿，以后由于关节活动滑膜液抽吸的泵作用，结果使小囊肿向膝关节周围移行，较多的液体进入囊肿使体积不断增大。