肛门囊肿初期症状一般不明显，通常没有症状。
在肛门囊肿早期，一般不会出现明显的症状，因为肿物的体积比较小。随着病情的不断发展和恶化，囊肿的体积也会逐渐变大，当囊肿变大到一定程度时，病人就会觉得肛门处有一种奇怪的感觉，可以在肛门处触摸到一个很大的肿物，但是通常不会有疼痛的感觉。
当囊肿受到反复挤压、摩擦的刺激时，还会伴随有细菌感染，在炎症的刺激下，会出现发红、疼痛、肿胀等不适的表现。如果发展到化脓期，因为位于表面较浅，所以脓肿也有可能自己破裂，然后渗出脓液，此时病人会出现肛门口潮湿、瘙痒的症状。