肛瘘术后的疼痛感持续的时间与术式的复杂性、创口局部的感染程度有很大的关系。因其属慢性炎性疾病，一般需要外科治疗，单靠药物治疗难以根治。低位肛瘘的恢复时间较快，高位肛瘘的恢复时间较慢。
1、低位肛瘘：一般10-14天就能痊愈。传统的手术方法是以挂线治疗为主，若肛瘘比较简单，又属于低位，则需要较短的手术时间，其恢复的时间通常要比高位的要短得多；
2、高位肛瘘：如果肛瘘的位置在齿状线之上，则需要较长的时间，有的需要3-4个星期，才能使肛瘘的症状得到缓解。