在临床实践中，肛瘘是一种极为普遍的疾病，若存在疑虑，可从多个角度进行鉴别诊断:
肛门感染和肛周脓肿之后，常常会出现肛瘘这一严重疾病；若肛周脓肿可自行破溃，或经医生切开引流后外口持续不愈合，此时若出现流水、排气或分泌物流出，应高度怀疑其是否为肛瘘；
对于那些身材较为纤瘦或者窦道相对较浅的患者，他们可能会感觉到皮下存在一种管状物，也就是所谓的窦道，在这种情况下，肛瘘的诊断也可以得到确认；肛瘘所带来的症状之一是局部的疼痛感，严重时可能会伴随着便血等症状。
若对肛瘘存在疑虑，亦可进行观察以确定是否存在上述症状。在肛门周围皮肤上出现肿块或溃疡时，应该想到可能是内痔，需要马上就医检查。如遇病情无法明确的情况，应及时寻求专业医院或肛肠科的诊疗服务，以确保医生进行正确的检查和治疗，避免延误病情。