肛门周围的慢性炎症性疾病——肛瘘，通常源于肛周脓肿，这是一种急性炎症性疾病。肛周脓肿的形成是由于肛门内肛隐窝腺感染，导致周围组织感染化脓，从而形成脓肿，这是一种常见的原因。
肛门周围的皮肤细菌侵袭是导致肛周脓肿形成的原因之一，无论哪种理论都表明这是由肛门周围组织感染引起的。肛瘘又称为肛痈，是指由多种因素造成肛管及邻近软组织内形成瘘口，并向外蔓延所致的慢性炎症和肉芽肿性病变。该部位可分为四类，包括位于肛门周围的自然腔隙或皮下浅表脓肿，以及坐骨直肠窝，即位于肛门和坐骨之间的感染，还有骨盆直肠腔隙的感染，以及直肠黏膜下的脓肿。