大便肛门疼的原因可能是痔疮、肛裂、肛周脓肿等。
1、痔疮：患有痔疮的人主要是因为有一个不好的排便习惯，造成了肛门区的压力增高，从而使血管膨胀，在人体内生成了一个叫做痔核的血管团。痔疮的症状分为内痔、外痔和混合痔，外痔的症状以疼痛、瘙痒为主，内痔的症状以无痛性便血为主。
2、肛裂：肛裂多见于病人便秘，干燥而坚硬的排泄物经过肛管时，对肛管造成了伤害，造成了肛管上皮的溃烂，病人会出现腹痛、大便出血等症状。
3、肛周脓肿：因为肛周是一种松软的组织，一旦发生了肛周感染，就会有一种炎性的包块向松软的组织蔓延，如果没有得到很好的处理，就会导致病情恶化，最终成为一个脓包，主要特征是肛门区有跳动的疼痛和肿块。