通常情况下，进行肛瘘换药会带来一定的疼痛感，但其程度会因换药时间和伤口大小的不同而有所差异，早期换药时疼痛程度较重，而后期则会有所缓解。
在手术后的早期阶段，由于伤口的新鲜程度，更换敷料时需要清除分泌物，因此患者会感受到相当明显的疼痛。疼痛的程度并不显著；随着手术创面的康复，更换敷料时所带来的疼痛感也将逐渐得到缓解和改善。
对于那些肛瘘伤口较深、创腔较大，甚至需要挂线治疗的患者，在换药时会感受到剧烈的疼痛，因此需要采用双氯芬酸钠栓进行止痛治疗。