通常来说，没有什么是最好的肛门囊肿治疗方法。对于肛门囊肿的治疗有常规治疗、手术治疗、药物治疗等。
1.常规治疗：当患者有了肛门囊肿之后，要注意保持患部位的清洁和干燥，避免病菌的繁殖，引起二次感染，从而导致患者的疾病恶化。此外，患者还要注意多做一些锻炼，避免长时间的静坐，从而缓解受压部位的压力。
2.手术治疗：对于肛门囊肿来说，最好的办法就是外科治疗，尽可能早地去医院做个详细的诊断，然后用外科的方式将其摘除。
3.药物治疗：在医师的建议下，患者可以使用一些常用的中药，比如：甲硝唑片、左氧氟沙星片、康复新液、红霉素软膏等。