肛门止疼栓副作用多大一般需要根据具体情况进行分析，不能一概而论。
如果病人严格遵医嘱服药，一般无副作用。但若病人私自服药或延长服药时间则可导致黑便和虚脱的副作用，极个别病人可发生代谢性酸中毒和休克，严重者甚至危及病人的生命，因此病人要在医生的指导下用肛门止疼栓治疗，切忌乱用药物。
病人用肛门止疼栓治疗过程中，饮食要注意，可以选择进食清淡容易消化的食品，如稀粥或面条，少食辣椒和花椒之类刺激性食品，避免影响用药。