肛门镜与肠镜通常肠镜较好。
肛门镜是一种在各级医院肛肠科、体检中心广泛使用的，用以检查直肠肛管相关疾病内窥镜检查。此外，其还可以用于治疗痔疮。肠镜检查是检查肠道疾病的最经常、最直接、最有效的方法，包括结肠镜和小肠镜，其中结肠镜较为常用。
肛门镜与肠镜比较普通的肠镜要多一份疼痛。肠镜下观察范围较为广泛，需观察结肠直肠整体病变，肛门镜仅需观察肛管直肠病变。另外做肠镜检查的过程中，一般都要将肠道膨胀，还要通气，这就可能引起检查者腹胀、腹痛等不良反应的发生，肛门镜只需借助仪器将肛门膨胀就可以。