肛瘘手术需住院治疗多长时间通常要根据病情严重程度、治疗及医院状况而定，具体情况如下:
1、病情严重程度：若为低位单纯性肛瘘而瘘管短，切开创口浅，伤口愈合迅速，通常入院约3天。如情况比较复杂、病变部位比较高时，换药的次数就会比较频繁，住院治疗的时间也比较长，约为半月。
2、治疗：肛瘘手术若采用微创手术，住院治疗时间短，通常在3-5天内就可以完成。但若采用完全切开等传统手术方法，伤口大，住院治疗时间约15-20天。
3、医院状况：如就诊医院床位较紧，病情许可时，可需提前离院。由于肛瘘术后，不管是开放引流还是挂线疗法，如果没有细菌感染的情况下，一般不会给身体造成太大影响，可以选择出院以后到门诊进行换药。如果医院条件许可，可住院治疗至完全恢复后于出院。