肛瘘手术大概需要五千块到一万块钱，肛瘘手术在农合和社保医疗中都是可以报销的，报销比例各地不同，但自己负担不是很多。为了慎重起见，同时也为了对患者负责任，去正规医院，也就是有资质的医院看看肛肠科医生，做一些必要的术前检查，如肛门检查血凝四项检查等，如无手术禁忌就可以手术治疗。