肛瘘手术是目前好的治疗方案。如不手术会使肛瘘加重，单纯性肛瘘可能会转变为复杂性肛瘘；并会出现肛周反复感染，给以后的治疗带来困难。少数病例还有恶变可能。手术后的恢复情况和肛瘘的复杂情况有关，还与个人体质、有无全身其系统疾病有关。尽早治疗，到正规医院接受正规治疗。对于确诊为肛瘘，唯一好的方法就是采取手术治疗，应尽早采取措施。