小肠炎应该用敏感的抗菌药物进行治疗，由于引起小肠炎，大多数是由革兰氏阴性杆菌所造成。所用的抗菌药物是第三代头孢菌素、氨基糖苷类抗生素、喹诺酮类抗生素，盐酸左氧氟沙星、庆大霉素、头孢哌酮舒巴坦等，静脉滴注可以获得较好效果。如果腹痛症状比较明显时还可用解痉药物，口服的有山莨菪碱，静脉滴注的有654-2及间苯三酚等。