肛门里面疼痛，一方面可能是由于肛窦炎造成的，发生肛窦炎多是由于在肛窦部位有分泌物或者是粪便存积，逐渐形成炎症，造成肛窦感染而疼痛。另一方面，也有可能是发生肛周脓肿导致的肛门疼痛，肛周脓肿的发生多是在肛门直肠部位存在感染，感染进一步发展造成肛周脓肿。